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Khajidu 9 years ago
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Le génome du wookie à poil dur vient d'être séquencé. Malheureusement, le séquenceur est une merde monumentale, conçue par nul autre que l'empereur Palpatine, qui est connu pour concevoir des merdes. Demandez à Dark Vador. Je m'égare. Le séquenceur a donc sorti des séquences absolument riquiqui et inexploitables. Heureusement, vous êtes là. Vous avez entendu parler d'une méthode hyper connue chez les bioinformaticiens : le graphe de De Bruijn. Elle consiste à découper les reads (vous savez les petits cacas que le séquenceur de Palpy prend pour des séquences) en morceaux chevauchants de taille k (k-mers dans l'intimité) et à tracer un graphe qui relie deux k-mers s'ils coïncident sur k-1 bases, comme suit :
ATTGC-TTGCT-TGCTA-GCTAG
ATTGC-TTGCT-TGCTA-GCTAG (qui donnera à la fin ATTGCTAG)
et ainsi de suite. Vous voyez le topo.

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