création du challenge spécial Star Wars !
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Le génome du wookie à poil dur vient d'être séquencé. Malheureusement, le séquenceur est une merde monumentale, conçue par nul autre que l'empereur Palpatine, qui est connu pour concevoir des merdes. Demandez à Dark Vador. Je m'égare. Le séquenceur a donc sorti des séquences absolument riquiqui et inexploitables. Heureusement, vous êtes là. Vous avez entendu parler d'une méthode hyper connue chez les bioinformaticiens : le graphe de De Bruijn. Elle consiste à découper les reads en morceaux chevauchants de taille k (k-mers dans l'intimité) et à tracer un graphe qui relie deux k-mers s'ils coïncident sur k-1 bases, comme suit :
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ATTGC-TTGCT-TGCTA-GCTAG
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et ainsi de suite. Vous voyez le topo.
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Votre mission, si vous l'acceptez, est donc de faire triompher le côté clair de la force et de reconstituer la séquence du génome du wookie à poil dur à partir de ça :
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AAAAACAAAAGAAAATAAAC
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AAGCAAAGGAAAGTAAA
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AAGTGAAGTTAATACAATAGAAT
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ACACGACACTACAGCACAGGACAGTACAT
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ACCTGACCTTACGAGACGATACGCCACGCG
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ACGCGACGCTACGGCACGGGACGGTAC
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AGACTATACTCCACTCGACTCT
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AGGCTAGGGCAGGGGAGGGTAGGTCAGGT
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AGTAGATCAGATGAGATTAGCATAGCCC
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ATTAGCATAGCCCAGCCGAGCCTAGCG
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ATTCAATTGAATTTACACCACACG
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CAACAGAACATAACCCAACCGA
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CAGTCGAGTCTAGTGCAGTGGAGTGTAGTTCAG
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CCATACCCCACCCGACCCTACC
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CCATGCGATGCTATGGCATGGGATGGTATGT
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CCTACCGCACCGGACCGTACCTCACCT
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CCTAGCGCAGCGGAGCGTAGCTCAGCTGAGCTTA
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CCTCCCGGCCCGTCCCTGCCCTTCCGCGCCGCTCC
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CGAACCTAACGCAACGGAAC
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CTTAAGACAAGAGAAGATAAGCC
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CTTTGCTTTTGGGGGTGGGTTGGTGTGGT
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GAACGTAACTCAACTGAACTTA
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GATATTATCCCATCCGATCCTATCGCATCGGAT
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GCTCCGGGCCGGTCCGTGCCGTTCCTCGCCT
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GCTGAGCTTAGGATAGGCCAGGCGAGGCT
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GGTACGTCACGTGACGTTACTAGACT
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GTAAATCAAATGAAATTAACACAACAG
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GTACATCACATGACATTACCAGACCATACC
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GTATGTCATGTGATGTTATTCCATT
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GTGTGGTTTGTGTTGTTTT
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TAAACCAAACGAAACTAAAGCA
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TAAGCCAAGCGAAGCTAAGG
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TAAGGCAAGGGAAGGTAAGTCAAGTGA
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TAGAATATAATCCAATCGAATCTAATGC
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TAGTTCAGTTGAGTTTATATCATATGATATTA
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TCAGGTGAGGTTAGTATAGTCCAG
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TCGCCTCTCCTGGCCTGTCCTTGCCTTTCGCG
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TCGGATCGTATCTCATCTGATCTTATGCCAT
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TCGTCTCGTGGCGTGTCGTTGCG
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TCTAATGCAATGGAATGTAATTCAA
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TCTACTGCACTGGACTGTACTTCACTTG
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TCTGGGCTGGTCTGTGCTGTTCTTGGCTTGTCTTTGCT
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TGTCGTTGCGTTTCTCTGCTCTTCTGGGC
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TTCCATTCGATTCTATTGCATTGGATTGTAT
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TTCGCGGCGCGTCGCTGCGCTTCGG
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TTCGGCTCGGGGCGGGTCGGTGCGGTTCGTCTCG
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TTGACTTTAGAGCAGAGGAGAGTAG
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TTGTATTTCATTTGATTTTCCCCCGCCCCTCCC
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Que la force soit avec vous !
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