fail version

wookie à poil dur/gnieark/README.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+malheureusement je trouve 3 séquences que je n'arrive pas à diminuer plus:
+Array
+(
+    [0] => AAGTGAAGTTAATACAATAGAAT
+    [1] => AAGCAAAGGAAAGTAAACACGACACTACAGCACAGGACAGTACATTCAATTGAATTTACACCACACGCGACGCTACGGCACGGGACGGTACAACAGAACATAACCCAACCGATTAGCATAGCCCAGCCGAGCCTAGCGCAGCGGAGCGTAGCTCAGCTGAGCTTAAACCAAACGAAACTAAAGCAGGCTAGGGCAGGGGAGGGTAGGTCAGGTCTAATGCAATGGAATGTAATTCAAGTAGATCAGATGAGATTAGCATAGCCCATACCCCACCCGACCCTACCGCACCGGACCGTACCTCACCTCCCGGCCCGTCCCTGCCCTTCCGCGCCGCTCCGAACCTAACGCAACGGAACTTAAGACAAGAGAAGATAAGCCATGCGATGCTATGGCATGGGATGGTATGTACATCACATGACATTACCAGACCATACCTTTGCTTTTGGGGGTGGGTTGGTGTGGTAAATCAAATGAAATTAACACAACAGAACGTAACTCAACTGAACTTAAGGCAAGGGAAGGTAAGTCAAGTGATATTATCCCATCCGATCCTATCGCATCGGATAAGCCAAGCGAAGCTAAGGCTCCGGGCCGGTCCGTGCCGTTCCTCGCCTAGTTCAGTTGAGTTTATATCATATGATATTAGAATATAATCCAATCGAATCTAATGCTGAGCTTAGGATAGGCCAGGCGAGGCTCAGGTGAGGTTAGTATAGTCCAGGTACGTCACGTGACGTTACTAGACTCGTCTCGTGGCGTGTCGTTGCGTATGTCATGTGATGTTATTCCATTGACTTTAGAGCAGAGGAGAGTAGTGTGGTTTGTGTTGTTTTCGCCTCTCCTGGCCTGTCCTTGCCTTTCGCGGCGCGTCGCTGCGCTTCGGCTCGGGGCGGGTCGGTGCGGTTCGTCTCGGATCGTATCTCATCTGATCTTATGCCATCTACTGCACTGGACTGTACTTCACTTGTCGTTGCGTTTCTCTGCTCTTCTGGGCTGGTCTGTGCTGTTCTTGGCTTGTCTTTGCTTCCATTCGATTCTATTGCATTGGATTGTATTTCATTTGATTTTCCCCCGCCCCTCCCAGTCGAGTCTAGTGCAGTGGAGTGTAGTTCAGACTATACTCCACTCGACTCT
+    [2] => AAAAACAAAAGAAAATAAACCTGACCTTACGAGACGATACGCCACGCG
+)
+

wookie à poil dur/gnieark/input.txt

@@ -0,0 +1,48 @@
+AAAAACAAAAGAAAATAAAC
+AAGCAAAGGAAAGTAAA
+AAGTGAAGTTAATACAATAGAAT
+ACACGACACTACAGCACAGGACAGTACAT
+ACCTGACCTTACGAGACGATACGCCACGCG
+ACGCGACGCTACGGCACGGGACGGTAC
+AGACTATACTCCACTCGACTCT
+AGGCTAGGGCAGGGGAGGGTAGGTCAGGT
+AGTAGATCAGATGAGATTAGCATAGCCC
+ATTAGCATAGCCCAGCCGAGCCTAGCG
+ATTCAATTGAATTTACACCACACG
+CAACAGAACATAACCCAACCGA
+CAGTCGAGTCTAGTGCAGTGGAGTGTAGTTCAG
+CCATACCCCACCCGACCCTACC
+CCATGCGATGCTATGGCATGGGATGGTATGT
+CCTACCGCACCGGACCGTACCTCACCT
+CCTAGCGCAGCGGAGCGTAGCTCAGCTGAGCTTA
+CCTCCCGGCCCGTCCCTGCCCTTCCGCGCCGCTCC
+CGAACCTAACGCAACGGAAC
+CTTAAGACAAGAGAAGATAAGCC
+CTTTGCTTTTGGGGGTGGGTTGGTGTGGT
+GAACGTAACTCAACTGAACTTA
+GATATTATCCCATCCGATCCTATCGCATCGGAT
+GCTCCGGGCCGGTCCGTGCCGTTCCTCGCCT
+GCTGAGCTTAGGATAGGCCAGGCGAGGCT
+GGTACGTCACGTGACGTTACTAGACT
+GTAAATCAAATGAAATTAACACAACAG
+GTACATCACATGACATTACCAGACCATACC
+GTATGTCATGTGATGTTATTCCATT
+GTGTGGTTTGTGTTGTTTT
+TAAACCAAACGAAACTAAAGCA
+TAAGCCAAGCGAAGCTAAGG
+TAAGGCAAGGGAAGGTAAGTCAAGTGA
+TAGAATATAATCCAATCGAATCTAATGC
+TAGTTCAGTTGAGTTTATATCATATGATATTA
+TCAGGTGAGGTTAGTATAGTCCAG
+TCGCCTCTCCTGGCCTGTCCTTGCCTTTCGCG
+TCGGATCGTATCTCATCTGATCTTATGCCAT
+TCGTCTCGTGGCGTGTCGTTGCG
+TCTAATGCAATGGAATGTAATTCAA
+TCTACTGCACTGGACTGTACTTCACTTG
+TCTGGGCTGGTCTGTGCTGTTCTTGGCTTGTCTTTGCT
+TGTCGTTGCGTTTCTCTGCTCTTCTGGGC
+TTCCATTCGATTCTATTGCATTGGATTGTAT
+TTCGCGGCGCGTCGCTGCGCTTCGG
+TTCGGCTCGGGGCGGGTCGGTGCGGTTCGTCTCG
+TTGACTTTAGAGCAGAGGAGAGTAG
+TTGTATTTCATTTGATTTTCCCCCGCCCCTCCC

wookie à poil dur/gnieark/wokie.php

@@ -0,0 +1,65 @@
+<?php
+
+$reads=explode("\n",file_get_contents("input.txt"));
+
+while(count($reads)>0){
+    $couples=array();
+    for($countGauche=0;$countGauche<count($reads);$countGauche++){
+    //tester à gauche
+        for($countDroite=0;$countDroite<count($reads);$countDroite++){
+            for($i=strlen($reads[$countGauche]) ;$i>0;$i--){
+                $chaineATest=substr($reads[$countGauche],0,$i);
+                if (($countGauche!==$countDroite) && (preg_match("/".$chaineATest."$/",$reads[$countDroite]))){
+                    //tester si cette chaine se retrouve à  droite dans d'autres reads
+                    $couples[$countGauche."-".$countDroite]=$i;
+                    break;
+                }  
+            }
+        }
+    }
+  //chercher le couple ayant la plus grosse chaine en commun
+    $coupleKey=getKeyOfValueMax($couples);
+    if(!$coupleKey){
+        echo "malheureusement je trouve ".count($reads)." séquences que je n'arrive pas à diminuer plus:\n";
+         print_r($reads);
+         die;
+    }
+    list($gauche,$droite)=explode("-",$coupleKey);
+    //cancaténer les deux chaines en supprimant la partie commune
+    $reads=arrayDelTwoValuesAndAddOne($reads,$reads[$droite],$reads[$gauche],substr($reads[$droite],0,-$couples[$coupleKey]).$reads[$gauche]);
+}
+
+echo $reads[0];
+
+function arrayDelTwoValuesAndAddOne($array,$delValue1,$delValue2,$addValue){
+    foreach($array as $key=>$value){
+        if($value==$delValue1){
+            unset($array[$key]);
+            break;
+        }
+    }
+     $array=array_values($array);
+    foreach($array as $key=>$value){
+            if($value==$delValue2){
+                unset($array[$key]);
+                break;
+            }
+     }
+     $array=array_values($array);
+     $array[]=$addValue;
+     return $array;
+}
+function getKeyOfValueMax($array){
+    $max=0;
+    foreach($array as $key => $value){
+        if($value > $max){
+            $value=$max;
+            $maxKey=$key; 
+        }
+    }
+    if(isset($key)){
+        return $key;
+    }else{
+        return false;
+    }
+}