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wookie à poil dur

Le génome du wookie à poil dur vient d'être séquencé.

Malheureusement, le séquenceur est une merde monumentale, conçue par nul autre que l'empereur Palpatine, qui est connu pour concevoir des merdes. Demandez à Dark Vador. Je m'égare. Le séquenceur a donc sorti des séquences absolument riquiqui et inexploitables. Heureusement, vous êtes là.

Vous avez entendu parler d'une méthode hyper connue chez les bioinformaticiens : le graphe de De Bruijn. Elle consiste à découper les reads (vous savez les petits cacas que le séquenceur de Palpy prend pour des séquences) en morceaux chevauchants de taille k (k-mers dans l'intimité) et à tracer un graphe qui relie deux k-mers s'ils coïncident sur k-1 bases, comme suit :

ATTGC-TTGCT-TGCTA-GCTAG (qui donnera à la fin ATTGCTAG)

et ainsi de suite. Vous voyez le topo. Ensuite, il faut reconstituer la séquence en parcourant le graphe, comme une fleur (ou un jedi, c selon vos goûts).

Par contre, Anakin Skywalker suggère une méthode un peu plus brutasse : un graphe qui répertorie directement les superpositions entre reads. En même temps, une méthode de brutasse, c'est bien Anakin, tiens. Tiens, d'ailleurs il a trouvé une séquence de 1023 bases.

Votre mission, si vous l'acceptez, est donc de faire triompher le côté clair de la force et de reconstituer la séquence du génome du wookie à poil dur à partir de ces petits cacas :

AAAAACAAAAGAAAATAAAC
AAGCAAAGGAAAGTAAA
AAGTGAAGTTAATACAATAGAAT
ACACGACACTACAGCACAGGACAGTACAT
ACCTGACCTTACGAGACGATACGCCACGCG
ACGCGACGCTACGGCACGGGACGGTAC
AGACTATACTCCACTCGACTCT
AGGCTAGGGCAGGGGAGGGTAGGTCAGGT
AGTAGATCAGATGAGATTAGCATAGCCC
ATTAGCATAGCCCAGCCGAGCCTAGCG
ATTCAATTGAATTTACACCACACG
CAACAGAACATAACCCAACCGA
CAGTCGAGTCTAGTGCAGTGGAGTGTAGTTCAG
CCATACCCCACCCGACCCTACC
CCATGCGATGCTATGGCATGGGATGGTATGT
CCTACCGCACCGGACCGTACCTCACCT
CCTAGCGCAGCGGAGCGTAGCTCAGCTGAGCTTA
CCTCCCGGCCCGTCCCTGCCCTTCCGCGCCGCTCC
CGAACCTAACGCAACGGAAC
CTTAAGACAAGAGAAGATAAGCC
CTTTGCTTTTGGGGGTGGGTTGGTGTGGT
GAACGTAACTCAACTGAACTTA
GATATTATCCCATCCGATCCTATCGCATCGGAT
GCTCCGGGCCGGTCCGTGCCGTTCCTCGCCT
GCTGAGCTTAGGATAGGCCAGGCGAGGCT
GGTACGTCACGTGACGTTACTAGACT
GTAAATCAAATGAAATTAACACAACAG
GTACATCACATGACATTACCAGACCATACC
GTATGTCATGTGATGTTATTCCATT
GTGTGGTTTGTGTTGTTTT
TAAACCAAACGAAACTAAAGCA
TAAGCCAAGCGAAGCTAAGG
TAAGGCAAGGGAAGGTAAGTCAAGTGA
TAGAATATAATCCAATCGAATCTAATGC
TAGTTCAGTTGAGTTTATATCATATGATATTA
TCAGGTGAGGTTAGTATAGTCCAG
TCGCCTCTCCTGGCCTGTCCTTGCCTTTCGCG
TCGGATCGTATCTCATCTGATCTTATGCCAT
TCGTCTCGTGGCGTGTCGTTGCG
TCTAATGCAATGGAATGTAATTCAA
TCTACTGCACTGGACTGTACTTCACTTG
TCTGGGCTGGTCTGTGCTGTTCTTGGCTTGTCTTTGCT
TGTCGTTGCGTTTCTCTGCTCTTCTGGGC
TTCCATTCGATTCTATTGCATTGGATTGTAT
TTCGCGGCGCGTCGCTGCGCTTCGG
TTCGGCTCGGGGCGGGTCGGTGCGGTTCGTCTCG
TTGACTTTAGAGCAGAGGAGAGTAG
TTGTATTTCATTTGATTTTCCCCCGCCCCTCCC

Que la force soit avec vous !


Winners

Les gagnants du challenge de rapidité, dans l'ordre :

  1. zigazou
  2. moul

Anakin Skywalker (hors concours)