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Le génome du wookie à poil dur vient d'être séquencé. Malheureusement, le séquenceur est une merde monumentale, conçue par nul autre que l'empereur Palpatine, qui est connu pour concevoir des merdes. Demandez à Dark Vador. Je m'égare. Le séquenceur a donc sorti des séquences absolument riquiqui et inexploitables. Heureusement, vous êtes là. Vous avez entendu parler d'une méthode hyper connue chez les bioinformaticiens : le graphe de De Bruijn. Elle consiste à découper les reads en morceaux chevauchants de taille k (k-mers dans l'intimité) et à tracer un graphe qui relie deux k-mers s'ils coïncident sur k-1 bases, comme suit :
ATTGC-TTGCT-TGCTA-GCTAG
et ainsi de suite. Vous voyez le topo.
Votre mission, si vous l'acceptez, est donc de faire triompher le côté clair de la force et de reconstituer la séquence du génome du wookie à poil dur à partir de ça :
AAAAACAAAAGAAAATAAAC AAGCAAAGGAAAGTAAA AAGTGAAGTTAATACAATAGAAT ACACGACACTACAGCACAGGACAGTACAT ACCTGACCTTACGAGACGATACGCCACGCG ACGCGACGCTACGGCACGGGACGGTAC AGACTATACTCCACTCGACTCT AGGCTAGGGCAGGGGAGGGTAGGTCAGGT AGTAGATCAGATGAGATTAGCATAGCCC ATTAGCATAGCCCAGCCGAGCCTAGCG ATTCAATTGAATTTACACCACACG CAACAGAACATAACCCAACCGA CAGTCGAGTCTAGTGCAGTGGAGTGTAGTTCAG CCATACCCCACCCGACCCTACC CCATGCGATGCTATGGCATGGGATGGTATGT CCTACCGCACCGGACCGTACCTCACCT CCTAGCGCAGCGGAGCGTAGCTCAGCTGAGCTTA CCTCCCGGCCCGTCCCTGCCCTTCCGCGCCGCTCC CGAACCTAACGCAACGGAAC CTTAAGACAAGAGAAGATAAGCC CTTTGCTTTTGGGGGTGGGTTGGTGTGGT GAACGTAACTCAACTGAACTTA GATATTATCCCATCCGATCCTATCGCATCGGAT GCTCCGGGCCGGTCCGTGCCGTTCCTCGCCT GCTGAGCTTAGGATAGGCCAGGCGAGGCT GGTACGTCACGTGACGTTACTAGACT GTAAATCAAATGAAATTAACACAACAG GTACATCACATGACATTACCAGACCATACC GTATGTCATGTGATGTTATTCCATT GTGTGGTTTGTGTTGTTTT TAAACCAAACGAAACTAAAGCA TAAGCCAAGCGAAGCTAAGG TAAGGCAAGGGAAGGTAAGTCAAGTGA TAGAATATAATCCAATCGAATCTAATGC TAGTTCAGTTGAGTTTATATCATATGATATTA TCAGGTGAGGTTAGTATAGTCCAG TCGCCTCTCCTGGCCTGTCCTTGCCTTTCGCG TCGGATCGTATCTCATCTGATCTTATGCCAT TCGTCTCGTGGCGTGTCGTTGCG TCTAATGCAATGGAATGTAATTCAA TCTACTGCACTGGACTGTACTTCACTTG TCTGGGCTGGTCTGTGCTGTTCTTGGCTTGTCTTTGCT TGTCGTTGCGTTTCTCTGCTCTTCTGGGC TTCCATTCGATTCTATTGCATTGGATTGTAT TTCGCGGCGCGTCGCTGCGCTTCGG TTCGGCTCGGGGCGGGTCGGTGCGGTTCGTCTCG TTGACTTTAGAGCAGAGGAGAGTAG TTGTATTTCATTTGATTTTCCCCCGCCCCTCCC
Que la force soit avec vous !