59 lines
2.4 KiB
Markdown
59 lines
2.4 KiB
Markdown
Le génome du wookie à poil dur vient d'être séquencé. Malheureusement, le séquenceur est une merde monumentale, conçue par nul autre que l'empereur Palpatine, qui est connu pour concevoir des merdes. Demandez à Dark Vador. Je m'égare. Le séquenceur a donc sorti des séquences absolument riquiqui et inexploitables. Heureusement, vous êtes là. Vous avez entendu parler d'une méthode hyper connue chez les bioinformaticiens : le graphe de De Bruijn. Elle consiste à découper les reads en morceaux chevauchants de taille k (k-mers dans l'intimité) et à tracer un graphe qui relie deux k-mers s'ils coïncident sur k-1 bases, comme suit :
|
|
|
|
ATTGC-TTGCT-TGCTA-GCTAG
|
|
|
|
et ainsi de suite. Vous voyez le topo.
|
|
|
|
Votre mission, si vous l'acceptez, est donc de faire triompher le côté clair de la force et de reconstituer la séquence du génome du wookie à poil dur à partir de ça :
|
|
|
|
AAAAACAAAAGAAAATAAAC
|
|
AAGCAAAGGAAAGTAAA
|
|
AAGTGAAGTTAATACAATAGAAT
|
|
ACACGACACTACAGCACAGGACAGTACAT
|
|
ACCTGACCTTACGAGACGATACGCCACGCG
|
|
ACGCGACGCTACGGCACGGGACGGTAC
|
|
AGACTATACTCCACTCGACTCT
|
|
AGGCTAGGGCAGGGGAGGGTAGGTCAGGT
|
|
AGTAGATCAGATGAGATTAGCATAGCCC
|
|
ATTAGCATAGCCCAGCCGAGCCTAGCG
|
|
ATTCAATTGAATTTACACCACACG
|
|
CAACAGAACATAACCCAACCGA
|
|
CAGTCGAGTCTAGTGCAGTGGAGTGTAGTTCAG
|
|
CCATACCCCACCCGACCCTACC
|
|
CCATGCGATGCTATGGCATGGGATGGTATGT
|
|
CCTACCGCACCGGACCGTACCTCACCT
|
|
CCTAGCGCAGCGGAGCGTAGCTCAGCTGAGCTTA
|
|
CCTCCCGGCCCGTCCCTGCCCTTCCGCGCCGCTCC
|
|
CGAACCTAACGCAACGGAAC
|
|
CTTAAGACAAGAGAAGATAAGCC
|
|
CTTTGCTTTTGGGGGTGGGTTGGTGTGGT
|
|
GAACGTAACTCAACTGAACTTA
|
|
GATATTATCCCATCCGATCCTATCGCATCGGAT
|
|
GCTCCGGGCCGGTCCGTGCCGTTCCTCGCCT
|
|
GCTGAGCTTAGGATAGGCCAGGCGAGGCT
|
|
GGTACGTCACGTGACGTTACTAGACT
|
|
GTAAATCAAATGAAATTAACACAACAG
|
|
GTACATCACATGACATTACCAGACCATACC
|
|
GTATGTCATGTGATGTTATTCCATT
|
|
GTGTGGTTTGTGTTGTTTT
|
|
TAAACCAAACGAAACTAAAGCA
|
|
TAAGCCAAGCGAAGCTAAGG
|
|
TAAGGCAAGGGAAGGTAAGTCAAGTGA
|
|
TAGAATATAATCCAATCGAATCTAATGC
|
|
TAGTTCAGTTGAGTTTATATCATATGATATTA
|
|
TCAGGTGAGGTTAGTATAGTCCAG
|
|
TCGCCTCTCCTGGCCTGTCCTTGCCTTTCGCG
|
|
TCGGATCGTATCTCATCTGATCTTATGCCAT
|
|
TCGTCTCGTGGCGTGTCGTTGCG
|
|
TCTAATGCAATGGAATGTAATTCAA
|
|
TCTACTGCACTGGACTGTACTTCACTTG
|
|
TCTGGGCTGGTCTGTGCTGTTCTTGGCTTGTCTTTGCT
|
|
TGTCGTTGCGTTTCTCTGCTCTTCTGGGC
|
|
TTCCATTCGATTCTATTGCATTGGATTGTAT
|
|
TTCGCGGCGCGTCGCTGCGCTTCGG
|
|
TTCGGCTCGGGGCGGGTCGGTGCGGTTCGTCTCG
|
|
TTGACTTTAGAGCAGAGGAGAGTAG
|
|
TTGTATTTCATTTGATTTTCCCCCGCCCCTCCC
|
|
|
|
Que la force soit avec vous !
|